تفکر سنتی در علم پزشکی این بوده که ویروس ایجاد کننده زگیل تا آخر عمر در بدن بیمار باقی می ماند، ولی تحقیقات سال های اخیر پس از اختراع تست های مولکولی (و خصوصا PCR) اثبات نموده که سرانجام سیستم ایمنی بدن بیمار یا ویروس را یا کلا قلع و قمع نموده و یا تعداد ویروس را به حدی کاهش می دهد که زیر آستانه تشخیص یک تست PCRمی گردد.
همانگونه که در قسمت های دیگر عنوان شد، تنها حدود 10% زگیل ها توسط تیپ های 16 و 18 و سایر تیپ های با ریسک بالا ایجاد می گردند. بنابراین نتیجه گیری میشود که زگیلهای تناسلی اگر چه چندان خطرناک نیستند ولی به دلیل اضطرابی که در بیمار ایجاد می کنند و نیز به دلیل احتمال بدخیم شدن آنها در معدودی از موارد، نیاز به مراجعه پزشک و درمانهای بعدی وجود دارد.
انجام تست مولکولی (به طور شایع انجام PCR ) بر روی نمونه ها، تنها راه تشخیص برای یافتن و تعیین تیپ ویروس پاپیلوما است. ظن بالینی به تغییرات سرطانی شامل ظهور توده قابل لمس غیر عادی پوستی و یا مخاطی همزمان با زخم و یا خونریزی می باشد. در اینگونه موارد باید از توده نمونه برداری صورت پذیرد. باید توجه داشت زنانی که همسرشان دارای زگیل تناسلی بوده و یا به هر دلیلی از نظر پاپیلوما مثبت می باشند، باید از نظر احتمال ابتلاء به ویروس بررسی گردند.